蛋白质分子中的超二级结构.ppt
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1、蛋白质分子的蛋白质分子的高级结构高级结构二级结构概念二级结构概念n蛋白质的二级结构是指它的多肽链中有规则重复的构象。n氢键是稳定二级结构的主要作用力。n一些特定的二级结构的组合体就被称为超二级结构。(1)蛋白质的构象(蛋白质的构象(conformation)(2)多肽链折叠的空间限制因素多肽链折叠的空间限制因素肽平面和二面角肽平面和二面角基团间的相互作用基团间的相互作用水分子的作用水分子的作用(3)(3)稳定蛋白质构象的作用力稳定蛋白质构象的作用力亚基亚基四级结构四级结构 -折叠片折叠片 -螺旋体螺旋体三级三级结构结构 松散肽段松散肽段 二面角二面角 两相邻酰胺平面之间,能以共同的两相邻酰胺平
2、面之间,能以共同的C为定点而旋转,绕为定点而旋转,绕C-N键旋转的角度称键旋转的角度称角,绕角,绕C-C键旋转的角度称键旋转的角度称角。角。和和称称作二面角,亦称构象角。作二面角,亦称构象角。-碳原子碳原子酰胺平面酰胺平面=1800,=1800=00,=00的多肽主链构象的多肽主链构象酰胺平面酰胺平面=00,=00侧链侧链非键合原子非键合原子接触半径接触半径特征特征:1 1、每隔每隔3.63.6个个AAAA残基螺旋残基螺旋上升一圈,螺距上升一圈,螺距0.54nm;0.54nm;2、螺旋体中所有氨基酸残螺旋体中所有氨基酸残基侧链都伸向外侧,链中的全部基侧链都伸向外侧,链中的全部C=0 和和N-H
3、几乎都平行于螺旋几乎都平行于螺旋轴轴;3、每个氨基酸残基的、每个氨基酸残基的N-H与前面第四个氨基酸残基的与前面第四个氨基酸残基的C=0形成氢键,肽链上所有的肽键都形成氢键,肽链上所有的肽键都参与氢键的形成。参与氢键的形成。形成因素形成因素:与组成和排列顺与组成和排列顺序直接相关。序直接相关。多态性多态性:多数为右手(较稳定)多数为右手(较稳定),亦有少数左手螺旋存在(不稳,亦有少数左手螺旋存在(不稳定定)特征特征:两条或多两条或多条伸展的多肽链条伸展的多肽链(或一条多肽链(或一条多肽链的若干肽段)侧的若干肽段)侧向集聚,通过相向集聚,通过相邻肽链主链上的邻肽链主链上的N-HN-H与与C=OC
4、=O之间有之间有规则的氢键,形规则的氢键,形成锯齿状片层结成锯齿状片层结构,即构,即折叠折叠片。片。类别:平行类别:平行 反平行反平行 特 征特 征:多 肽多 肽链 中 氨 基 酸链 中 氨 基 酸残基残基n n的羰基的羰基上 的 氧 与 残上 的 氧 与 残基(基(n+3n+3)的)的氮 原 上 的 氢氮 原 上 的 氢之 间 形 成 氢之 间 形 成 氢键,肽 键 回键,肽 键 回折折1801800 0。无规则卷曲无规则卷曲细胞色素细胞色素C的三级结构的三级结构二级结构的基本类型二级结构的基本类型 Helix parallel pleated sheet antiparallel plea
5、ted sheet-转角及无规则卷曲转角及无规则卷曲 蛋白质超二级结构蛋白质超二级结构DOMAINnSuperoxide Dismulase The doubly wound topologyPDB code 9LDBDOMAIN(1)Up-down Bundle1HCI Triple-helix coiled coil alpha-actinin 1JR8DOMAIN(2)nArchitecture(Horseshoe)DOMAIN(3)Alpha solenoid Orthogonal Bundle Alpha/alpha barrel 1PPR 1R3J 1KWF Hydrolase D
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- 蛋白质 分子 中的 二级 结构
