AutoDockADT教程.docx

Dock子动力学FledDock遗传算法分子力场慢eHiTS系统搜寻半阅历自由能评价函数快Hex几何匹配CAPRI*快注：CAPRI,CriticalAssessmentofPRedictionofInteractions,!互作用预料临界评价ADAM图2：分子对接软件最常用的分子对接软件被引次数统计（ISIWebofSciense,2005)3.AUtODOCk以和ADT(AutoDockTls)MagnesiumPNonH-bondingPhosphorusSA*Acceptor2H-bondsSulphurSNonH-bondingSulphurClNonH-bondingChlorineC1.NonH-bondingChlorineCaNonH-bondingCalciumCANonH-bondingCalciumMnNonH-bondingManganeseMNNonH-bondingManganeseFeNonH-bondingIronFENonH-bondingIronZnNonH-bondingZincgridspacing图4：AUtODOCk格点对接示意图AUtoDOCk目前的版本只能实现单个配体和受体分子之间的对接，程序本身还没有供应虚拟筛选功能(VirtualScreening),但是可以运用1.inux/Unix中的Shell以和Python语言实现此功能“同时AutoDock本省所包含的AUtoDOCk以和AUtOGrid程序是完全在吩咐附下操作的软件，没有图形界面，但是假如运用AUtODOCkTooIS程序，就可以在几乎完全图形化的界面中完成分子对接以和结果分析等工作，下面我们就介绍下AutoDockToolso3.2. AutoDockToolsAutoDockTools（以下简称ADT）MTheScrippsResearch（3>ADT菜单：AUtoGrid和AUtoDOCk的图形化操作菜单;<4>分子显示窗口：3D模型分子的显示和操作窗口；（5仪表板窗口部件：快速杳看和设置分子的显示模型以和着色方式；（6信息栏：显示相关操作信息。3.3. 软件的获得和安装AUtODOCk程序包自版本4.0起成为自由软件（FreeSoft,非免费软件），只需在官方网站上完成注册（），即可下载包含完整源代码的版本以和针对各种不同操作系统平台编译好的程序C在这里我们下战包含源代码以和编译好的各种平台程序的完整软件包，名称为'Utodock8UiteA解压后该文件包包含三个书目：（1）“bin”书目中是针对不同平台编译好的AutoGrid以和AutoDock程序；（2）“example”书目中包含些程序运行的例子，可以进行软件测试以和相关操作的学习；（3）、rc”书目为AUtoGrid以和AUtODoCk程序的源代码，可以自行编译成可执行的程序文件。“bin”书目中编译好的针对不同平台的程序如下表所示（表4）：表4：autodocksuite-rf,各种编译好的AutoDock程序名称硬件系统和操作系统平台i86CygwinIntelx86处理器，Window系统（运用Cygwin）i86Darwin8IntelX86处理器，MaC操作系统f<DM1.M(Z>SS电三fi><dl5)ahh1.doogi(dgilaptop:"$IsOsktopnvAll.tog.pyT11f>latsDocurMntsMG1.TgIS1.51PicturesVideosNusicKiblicdoogi。QdoOgXlaptop：TcdNG1.Tools-1.5.11HSGdooge(SoogIaptop:*/WG1.Too»-15.11HSG1.t>inadtsettingPYTHoHHoMEenvironmentRunAutoOockToolsfromhondoogiNG1.Toolsl.S.1/MG1.TooIsPckgsAutoDockToosKSKSlIB1.4.4startedondoogie-laptopCopyrightM.F.Sxnner(Karch2000)Compilationflags1H56:p>6on图6:限制台窗口切换工作路径并启动ADT3.打算r8>tor分子PMV菜单：FilcIRCadMOIeCUle选择“hsgl.pdb"打开Receptor分子：PMV菜单：SeIeCtSelectFromString打开SdectFromString对话框，在Residue框中输入HOH*,Atom框中输入，点击画W选中全部水分子。最终，点击!Dismiss按钮关闭SdectFromString对话框（图7）。GaSteigCr电荷。须要留意的是：假如要使GaSteigCr计算正确，就必需将1.igand上的全部H加上，包括极性的以和非极性的。假如电荷全部为0,则ADT会试图加匕电荷。同时还将检测每个残基上的总电荷是否为整数。 ADT检测并合并非极性的H。 ADT将1.igand中的每个原子指派为“AutoDock原子类型"，原子类型见前一部分。以上初始化操作完成后，弹出Summaiyforind（图12）信息窗口,包含了以上操作的统计信息，点击函关闭。OSummaryforindfsetupind：c23addedgasteigerchargesmerged43nor>polarhydrogensfound17aromaticcarbonsdetected16rotatablebondssetTORSDOFto14QK|?|12：summaryforind信息窗口ADT菜单：1.igandl,orsionTrCd-*DCteCtRootADT自动判定1.igand的Root;ADT菜单：I1.igandTTOrSiOnTreeShowRootExpansion显示Root扩展信息；ADT菜单:,igandorsionTreeShow/HideRootMarker显示/隐藏RoOt标记；ADT菜单：I1.igand_*TorSiOnTrCd-*ChooseTOrSions选择1.igand中可扭转的键，弹出TOrSiOnCoUnt对话框中点击M电”型activebondsnon-rotatable,IMakeallrotatablebondsrotatable以和IMakCallamidebondsrotatable,最终结果如下图（图13）所示：该1.igand分子32个键中共有14个被设置成可扭转的键（rotatable,绿色），点击B应确定并关闭此对话框。图13：TorsionCount对话框和1.igand分（Torsion设置效果（绿色圆球表示Root,绿色键表示可扭转，紫色表示非扭转，红色表示不行扭转）电荷以代替ADT自动加上GaSteiger电荷，点击阳，再点击球关闭弹出的警告窗口(ffll9),)PrescrwinputrcccfMc:hsgi-rigidpdbqtmayaVeadyhaveperatomPaEalchyes.YeSDoyouv/anttopreservethesechargeshsteaddaddinggasteigercharges?图19：打开大分子(MaCrOmHeCule)文件后弹出的对话框7 .打AUtoGrid件ADT菜单：IGridISCtMaPTyPeSChoose1.igand-选择之前打算好的1.igand分子“ind”，假如之前删除了该分子则通过ADT菜单：GridlISetMaPTyPCslbpen1.igand|打开"ind.pdbq”文件。ADT菜单：jGridridBox-|打开GriCioPtiOn8对话框，将格子的大小设置为X,Y,Z：60,60,66,格点间隔为默认值0.375A,这样格子中共包含249307个格点，然后将格子中心设为2.5,6.5,-7.5(x,y,Z)。设置完成后点击GridOPtionS菜单中：FildTICloSesaving|current!保存并关闭对话框(图20)。>Editgpf>bsgi.gnpts606066*num.gridpointsinMgridfldhsg1_rigid.niaps.fld,grid-datajlespacing0.37Sspacing（八）SCCPtCXJyPU3ACHDNOASA*receptoratomtypesbgand-tjesACNAOANHD，andatomtypesreceptorhsgl-rigdpdbqt9macromoleculegridcenter2.S6S-7.S，xyccoordnatesorautosmooth0.5storeminimumenergywrad（八）maphsg1.rigidAmaparom-specificaffinitymapmaphsgCngid-C/nap9BtGnbSPeCliCffrtymapmaphsgl二rigd.NAmaPatom-specificaffinitymapmaphsgCngid.OA.map/atom-spec<icaffnicymapmaphsgCngidNmap/atom-specieatymapmaphsg1二rigjdHD.maptom-speciflcafinitymapelecmaphg1_r©de.map，efectrostticpotentialmapdsolvcnaphsgTddmaptdesolvationpotentialmapdielectric-0.i465<0,AD4cstace-dep.dle>OzConStantReadWriteOKICanCel图21：EditgPf对话框8 .运行AUtOgrid4ADT菜堂：IRUnlRunAUtOGrid启动AUtOGrid图形界面（图22）:HOStName（主机名）假如不是在远程计算机上运行程序则无需修改,点击PrOgramPathIIame（程序路径和名称）后的IBrOWSd按钮,选择之前放入IHSG文件夹的autogrid4程序，以替换界面中默认的autogrid3,ParameterFiIe（参数文件，上一步骤打算好的AUtOGrid参数文件）以和1.OgFiIe（程序运行记录文件）程序一般状况都能自动设置好，如须修改点击相应的IBrOWSe按钮选择正确的文件即可。图25：SimuIatedAnnealingParameter8对话框2.ADT菜单：DOCkin3SearChParamCterS-»1.OCalSearChParameters.则可设置局部搜寻算法参数（图26）:图26：