4种软件使用说明研究生课程.ppt

遗传多样性分析遗传多样性分析 N NTSYSTSYS2.10 2.10 1 1、利用、利用Quantity OneQuantity One读带，有带记录为读带，有带记录为1 1，无带记录为，无带记录为0 02 2、数据准备：生成、数据准备：生成0-10-1矩阵矩阵ExampleExample：6060份荔枝龙眼材料的份荔枝龙眼材料的0-10-1矩阵矩阵3 3、利用、利用NTsys2.10NTsys2.10进行分析：进行分析：相似性系数分析：相似性系数分析：Similarity Qualitative dataSimilarity Qualitative data聚类分析：聚类分析：Clustering SAHNClustering SAHN生成树状图：生成树状图：Graphics Tree plotGraphics Tree plot遗传连锁图谱的构建遗传连锁图谱的构建 J JOINOINMMAPAP3.0 & M3.0 & MAPAPC CHARTHART1 1、数据准备、数据准备ExampleExample：荔枝荔枝MSMS群体图谱数据群体图谱数据（1 1）txttxt文本的题头格式为：文本的题头格式为： name name 名称名称 popt = population type codes ( popt = population type codes (如如CP)CP) nloc=the numbers of loci nloc=the numbers of loci nind=the numbers of individuals nind=the numbers of individuals（2 2）位点的分离类型）位点的分离类型作图群体在引物作图群体在引物MG-AC-21上的分离情况（上的分离情况（abbc），），M为为20bp ladder marker作图群体在引物作图群体在引物MG-AC-85上的分离情况（上的分离情况（aab0），），M为为20bp ladder marker作图群体在引物作图群体在引物MG-AG-222上的分离情况（上的分离情况（abab），），M为为20bp ladder marker作图群体在引物作图群体在引物MG-AC-203上的分离情况（上的分离情况（a0b0， a000 ），），M为为20bp ladder marker2 2、利用、利用JoinMap3.0 JoinMap3.0 进行连锁分析进行连锁分析新建文件：新建文件：File New ProjectFile New Project数据转换：数据转换：File Prepare DataFile Prepare Data：* *.loc.loc数据载入：数据载入：File Load DataFile Load Data位点分群：位点分群：LOD groupingsLOD groupings（treetree） Calculate Calculate连锁分析：连锁分析：Population Creat group forPopulation Creat group for mapping Calculate mapmapping Calculate map3 3、收集、收集* *.map.map文件，利用文件，利用MapChartMapChart构建图谱构建图谱ExampleExample：（1 1）单个连锁群单个连锁群 （2 2）连锁群配对连锁群配对QTLQTL分析分析 M MAPAPQTL5.0 & MQTL5.0 & MAPAPC CHARTHART1 1、数据准备：、数据准备：* *.loc.loc，* *.map.map，* *.qua.quaExampleExample：MSMS群体群体.loc.loc MSMS群体群体.map.map 1212个荔枝性状数据个荔枝性状数据.qua.qua 2 2、利用、利用MapQTL5.0MapQTL5.0进行数据分析进行数据分析新建文件：新建文件：File New ProjectFile New Project数据载入：数据载入：File Load DataFile Load Data数据分析：数据分析：Interval Mapping CalculateInterval Mapping Calculate数据整理：选取数据整理：选取LOD3.0 LOD3.0 的位点的位点 Example Example：MSMS群体群体QTLsQTLs数据数据3 3、利用、利用MapChartMapChart进行作图进行作图ExampleExample：MSMS群体群体QTLQTLThanks for your attentionThanks for your attention！