地方猪品种DNA条型码识别技术规程.docx

地方猪品种DNA条型码识别技术规程1范围标准规定了地方猪品种DNA条型码识别的基本要求和操作要求。本标准适用于地方猪的DNA条型码识别，其他猪种可参考使用。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T40184-2021畜禽基因组选择育种技术规程GB/T40188-2021畜禽分子标记辅助育种技术规程GB/T25170-2010畜禽基因组BAC文库构建与保存技术规程GB/T25168-2010畜禽CDNA文库构建与保存技术规程NY/T1898-2010畜禽线粒体DNA遗传多样性检测技术规程NY/T1673-2008畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程3术语和定义下列术语和定义适用于本标准3.1DNA条形码生物体内能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。3.2限制性片段长度多态性restrictionfragmentlengthPolyinorPhism;RFLP不同个体制备的A,使用同一种限制性内切酶酶切，切得的片段长度各不相同的生物学特性。单链构象多态性single-strandconformationpolymorphism；SSCP不同DNA链上单个碱基的改变可引起其二级结构的改变,从而改变DNA链在非变性胶中的电泳迁移率形成的多态性。4原理4.1.1 DNA条形码基于传统的DNA序列标记技术，在概念上类似于基因分型。系统发育和分类学研究也与DNA条形码相关；4.1.2 DNA是遗传信息的生物载体，生物多样性依赖于遗传物质的多样性，每个物种的DNA序列是不可替代的，这就为DNA条形码提供了坚定的物质基础；4.1.3 一些碱基比较保守，几十个碱基长度的不能提供足够的编码信息，目前都是分析几百个碱基长度的DNA序列；4.1.4 DNA条形码是鉴于标准基因的DNA序列的一种技术，这个原理跟商业中通过商品条形码来辨别商品类似；4.1.5 DNA条形码技术可以扫描一个或多个相似的基因以全方位识别未知物种或发现新物种。5DNA条形码的开发程序5.1.1 样品的采集与DNA的提取此阶段的关键是需要选取具有代表性的样品，并且要尽可能增加取样个数，覆盖更多的地理群体。通常认为每个物种选取5个不同的居群，每个居群选择10个个体；5.1.2 引物设计与合成引物需要具有特异性，为了保证扩增成功产物大小一般不能超过700bp;5.1.3 PCR扩增选择相应的引物用来优化反应条件；5.1.4 进行DNA测序，或在质粒载体连接后进行克隆和测序；5.1.5 序列加工测序结果出来后，去掉测序不准的部分：5.1.6 序列分析采用相关的分析软件对测序结果进行分析；5.1.7 数据提交将相关的DNA条形码数据提交到相关的数据库。6基本操作要求6.1 采样6.1.1 样品可以是组织样、血液样，也可以是可提取DNA的生物学样品。6.1.2 样品采集需要避免个体间DNA交叉污染，每个个体的采样工具需要更换或清洗。6.1.3 样品采集后应冷冻保存。6.1.4 采样时，需要填写采样人、采样地点、采样日期、被采个体耳号（或其他有效记录个体身份的编号）、样品编号等，并妥善保存采集样本照片以及相关记录。6.2 DNA提取与纯化按照NYZT1673以及转基因动物及其产品成分检测DNA提取和纯化中的规定执行。6.3 基因分型6.3.1基因或标记位点的选择应符合孟德尔遗传定律，且具有多态性，宜选择经过验证的基因或标记。6.3.2分型单基因标记可采用基于PCR扩增产物的相关方法判读基因型（如PCR-RFLP、PCR-SSCP等），多基因标记可采用分别针对每个标记分型的策略，亦可采用适合多基因标记分型的其他方法开展基因分型（如小型芯片、SeqUenOm等）。