NTSYS软件使用说明.docx
Ntsys2.1软件使用具体说明一.数据处理方法1.1 ：excel595格式数据1）首先得到0/1数据，输入excel中，格式如下图：其中1表示数据格式为reclangulardatamatrix,12表示数据共12行（本例中表示12个个体），30表示数据共30列（本例中表示30个位点），0表示无缺失数据（假设有缺失，则用1表示，缺失值可用-999或其它数字代替）。VVICn112300LocClLoCo2Loc03Loc34Loc05Loc06LocOTLindl0011010ind020100010ind03000101ind1140I1101ind0511|I0010ind0G10110ind071100011InaU811UU01Und?110Q010indiO1100110Indll0110110indl211000002）格式及数据输入正确后，点击另存为excel595格式，命名为aflp01.xls。3）承受NTcdit数据编辑器翻开所保存的文件file>openfileinagrid,在文件类型中选择excel格式，找到要分析的文件并翻开，查看是否有错误，或需要修改的地方，没有问题后，保存为.nts格式。1.2 ：txt格式数据1）另一种数据处理方法，首先在excel中得到数据，如以下图留意：第一行与第一种方法不同，1表示数据格式为rectangulardatamatrix；I2B表示共12行（本例中表示12个个体，行标签位于数据主体的开头，B表示Beginningofeachrow）,30L表示共30列（本例中表示30个位点，L：Iabel表示列标签），0表示无缺失AHUnhG_LI2B30Lnwt)AM02LuvUl00LgCO20ILSU31ULvuU4I0LovOb00LVVWIJLVCU7o01O0U1U10-dt0I010J0wwlf>md11KI1IIn10OII1n_QMin11U0UJ1ndf1IIn0n10IaM091I00OJQ?ndl()1I0OlO).»“idll0IJ0t10ndl2IInO0nO-或者如以下图格式（其中第一行为112L30L0,解释略；其次行为每行的行标签；第三行为每列的列标签；第四行起为数据主体。）：ABCDHFG1112L30LO2ndlnd02xndQ3ndO4LndOGnd06XndO733LocOlLoc02LoCO3LQUo4LocflSLocOtiLocQ7l-100l1OlO501OOOlO00O1OlO01O1OlO1JOOOlO1IO1lO11OOOt111OOOlQ11OOOlO11OO1lO011O1LO1:JLOOOO2）格式及数据都处理好之后，点文件另存为，保存为文本文件.txt格式。3）得到txt格式文件后，即可直接用ntsys进展分析只要格式正确，ntsys可以对txt文件进展分析，而不用再转换或保存成.nts格式）。1.3 ：直接承受NTedit进展数据的输入和保存1）对于数据量不大的数据，可以直接承受NTedit进展数据的输入，如下图:对于0/1数据和定性数据:翻开ntsys软件,在Similarity模块中选择SimqUaLinPUtfHe中输入要分析的文件名称，如aflpl.nts,计算方法中矩阵系数COeffieient选择dice,outputfile命名输出文件名称如aflpOl-dice。之后点COmPUte,得到相像性矩阵。注：1.本例中由于个体是按行排列的，所以要在Byrows?进展勾选表选中假设个体是按列进展排列的，则不勾选。2.系数可依据要求选择不同的系数，如DICE,J,SM,PHI等。3.DICE,J只能得到相像性矩阵，可以承受1-dice系数，或者I-J系数得到距离矩阵。4.simqual只针对定性数据或二元数据（0/1）,对于其它数据如DNA数据则承受Simgend进展遗传距离计算，对于定量数据或间隔数据则承受Simint计算距离矩阵。三聚类分析（clustering）3.1SAHN进展UPgma聚类分析1）在得到相像性矩阵或距离矩阵文件之后，承受clustering模块中的SAHN,inputfile选择相像性矩阵文件，如aflpl-dice.nts,OUtPUtfne命名输出文件的名称，如aflp1-dicc-upgma.nts,聚类方法中选揉UPgma,incaseofties选择find或者Warrb点击COmPUte得到结果，在程序左下角可以看到谕标，点击即可得到聚类结果。J2) UPgma聚类结果如下图，在该图中可点击OPtionS菜单对聚类图的文字格式和线条样式等进展修改，以得到满足的图片。3) COPhenetiC相关性检验Upgma聚类分析之后，为了检验聚类结果的好坏，一般要进展CoPhenetiCcorrelation分析，操作如下:clustering模块中选择CoPh,如以下图，inputtree中输入聚类分析得到的结果文件，如aflp1-dice-upgma.nts»在输出文件中命名aflp01-coph.nts,点击compute,得到CoPhCnCtiC值文件。计算完成后在graphics模块中选择MXCOmp,在inputfile1(x)中选择相像性矩阵文件，如aflpl-dice.nts,在inputfile2(y)中选择coph计算得到的文件，如aflp01-coph.nts,numberofpermutation11IoOO次，或不选。点击COmPUte。计算完毕后得到分析结果，会消灭矩阵比较图matrix comparison和correlation test结果,如下面的两个图所示1相关性系数为0.842,说明聚类结果较好)。Mrvt*lttMntllLtH>t*Cho4.n-“pole”MenX0.<CO100hO.14J4RYO.44010.*T4S4*A>A"HtrlMrrltinr-0.B1X19<norx川”N4tlC4UuoSiAfwiwtNnt>lI<.t230tr.vMmbS<b.Sip1.0000Outof100rndc0EStxon100<8.0wr-1»M0»1<7bt><rvdo<*pnn1notAglSRinrhCgnC)11ttllrobilicyiS>三tvdS)0.OlMSUF*A,2018llS17<324) upgma聚类分析batch上述的分析步骤可以承受batch进展批处理分析，命令如下(将下面的命令保存到文本文件，再保存成*.ntb格式)：“Computeadistancematrix* simqualo=aflp01.ntsr=dice.ntsc=diced=row“Doaclusteranalysisofthedistancematrix* sahno=dice.ntsr=tree.ntscm=upgma“Displayphenogram*treeo=tree.nts“Computecopheneticvalues* copho=tree.ntsr=coph.nts“Computethecopheneticcorrelation* mxcompx=coph.ntsy=dice.nts3.2NJ聚类分析-Njoin1)得到距离矩阵：Simqual只能得到各种相像性矩阵，如DICE或J相像性矩阵，但进展NJ聚类分析是，需要距离矩阵数据，可以承受I-相像性矩阵的方法得到距离矩阵采用excel进展，但比较麻烦，还没有找到快捷的方法。tmnsf命令中似乎没有I-矩阵的操作，只有矩阵-1的操作，似乎也没有负值变成正值的操作）。固然也可以采样其它的命令如Simgend或simint得到DIST、欧式或其它距离矩阵之后进展NJ分析；或者承受其它的分析软件如GenaIeX软件得到距离矩阵用于msys分析。2）翻开ntsys的clustering模块，选择Njoin命令，inputfile中输入距离矩阵文件，命名保存的tree和graph文件，incaseofties中选择find,maximumno.tiedtrees中的数字不能小于OTUS的个数。点击COmPUe即得到nj聚类树。NT STSpcMjoin Optioni mIPComputeJlC,'Qge I Iyueh;l9Mrt fUiHpift tr÷ tileOutput 4plfkABow r<Mi.Wfe rxancl* ?r4HhMhi Caseotties4>)(hN M. IHI IieesTtolnlCQRo岫 R IfWlIwIOUhngP OTUJ0OViputgyangi CiUMlngDpopulalcn qcMc B >ntys9 8。攸$ 而Dpopulalicn qcMc 3 analysis solvteiLIGHTEDND1000 OOOOOMOMIOPOi MT四.PCoA分析或PCA分析4.1PCoA分析1）在得到相像性或
